Nació en Fontiveros (Ávila), Cuando aún era muy pequeño murió su padre que era tejedor. Juan ensayó muchos oficios. Fue aprendiz de sastre, carpintero, entallador y pintor. Luego se fue a servir, durante 6 años, a un hospital, entre enfermos apestados y contagiosos.

Cuando tenía 20 años, se metió carmelita en Medina del Campo. Pasaron cinco años, y cuando más fuertes tentaciones le entraban de meterse a cartujo, se encontró con una mujer de talla infinita, llamada Teresa de Jesús, que le convenció de que no hiciera eso, y se dedicara a la nueva orden de carmelitas Descalzos que ella acababa de fundar. La monja tenía ya 52 años.

El primer convento de Carmelitas Descalzos lo fundó Juan en Duero (Ávila). Luego fundó en Mancera, Pastrana, Alcalá. Y por fin estuvo en el convento de la Encarnación de Ávila, para atender a las monjas. Estando allí, el 3 de diciembre de 1577, a sus 35 años, lo apresaron, lo azotaron y lo metieron en la cárcel de Toledo, todo por escribir  poesías místicas, llenas de simbolismo  que, aunque en aquella época llamaban la atención, eran auténticas obras maestras.  Tras nueve meses, logró escapar. Su vida la dedicó después a escribir los libros que le han llevado a las más altas cimas de la literatura.

Texto de san Juan:
“Buscando mis amores iré por esos montes y riberas;
ni cogeré las flores ni temeré las fieras,
y pasaré los puentes y fronteras”
“Que mi amado es para mí y yo soy para mi amado”