Va néixer a Fontiveros (Àvila), Quan encara era molt petit va morir el seu pare que era teixidor. Joan va assajar molts oficis. Va ser aprenent de sastre, fuster, entallador i pintor. Després se'n va anar a servir, durant 6 anys, a un hospital, entre malalts empestats i contagiosos.

Quan tenia 20 anys, es va ficar carmelita a Medina del Campo. Van passar cinc anys, i quan més fortes temptacions li entraven de ficar-se a cartoixà, es va trobar amb una dona de talla infinita, anomenada Teresa de Jesús, que el va convèncer que no fes això, i es dediqués a la nova ordre de carmelites Descalços que ella acabava de fundar. La monja ja tenia 52 anys.

El primer convent de Carmelites Descalços el va fundar Juan a Duero (Àvila). Després va fundar a Mancera, Pastrana, Alcalá. I per fi va estar al convent de l'Encarnació d'Àvila, per atendre les monges. Estant allà, el 3 de desembre de 1577, als 35 anys, el van capturar, el van assotar i el van ficar a la presó de Toledo, tot per escriure poesies místiques, plenes de simbolisme que, encara que en aquella època cridaven l'atenció, eren autèntiques obres mestres. Després de nou mesos, va aconseguir escapar-se. La seva vida la va dedicar després a escriure els llibres que l'han portat als cims més alts de la literatura.

Text de sant Joan:
“Buscant els meus amors aniré per aquestes muntanyes i riberes;
ni agafaré les flors ni té por de les feres,
i passaré els ponts i fronteres” “
Que el meu estimat és per a mi i jo sóc per al meu estimat”