Va néixer a Valladolid. Va estudiar dret a Salamanca i el van nomenar inquisidor major de Granada. Per molt que va ajudar els presos, van dir d'ell que era un encobridor. Als seus 40 anys el van nomenar arquebisbe de Lima i metropolità del Perú. Així, va tenir l'oportunitat de ser el missioner més gran de la nova Amèrica. Fonamentalment va fer dues coses:

. Ser, com Carlos Borromeo, l'animador de l'aplicació del concili de Trento. En poc més de 20 anys va celebrar 15 sínodes diocesans i va reunir quatre vegades els bisbes de Sud-amèrica. Va organitzar missions, va aixecar parròquies i va lluitar contra els colonitzadors espanyols que explotaven els indis.

. Ser, com Francisco Javier, apòstol infatigable. Va recórrer els Andes en llargues caminades per les valls i cingleres. Va traspassar rius, abismes i muntanyes fins a arribar als poblats; parlava a la llengua nativa de la gent. Més d'una vegada va estar a les portes de la mort, rodant entre roques, perdut al bosc, enfonsat a les llacunes. Després de la primera visita, els tornava a confirmar a la fe. Una de les vegades va confirmar una noia que es deia Rosa de Lima, i que va arribar a ser santa.